(一)台灣原本豐富的海洋生物：
台灣面積雖小，佔全球陸地面積的比例可能只有千分之三，但台灣海洋生物的種類之多，卻可高達全球物種的十分之一。譬如魚類、珊瑚、海藻、甲殼類等幾個調查及分類工作作的較為完整的生物類別均是如此。至於那些洄游範圍廣的種類，如海龜或海豚，則比例更可高達1/3∼1/2。因此相對而言，台灣海洋生物種類之多比起其他沿海國家而言，其平均值要高出500倍之多。這包括了複雜的底質、地形、水深、海流與水溫等的生態因子的多樣化。也因此台灣南北海域海洋生物的物種也有著明顯的差異。像這樣只有394公里長的島嶼卻可以同時擁有兩種不同的海底景觀與生物種類的確難能可貴。但是台灣累積的物種多並非表示台灣的資源還很豐富，相反的，其中有將近一半到2/3的物種均已從過去的數量豐富、常見，變成今天的偶見、稀有，甚至絕跡。過去每次潛水可以看到的魚種，現在可能五年十年都看不到一尾。台灣原本的海洋生物甚為豐富，但卻被我們在這短短的卅、四十年裏，重經濟輕環保、重陸域輕海洋，肆意地掠奪及到處污染和破壞下給逐漸葬送掉了。
(二)海洋生態系遭受破壞的原因
海洋生物多樣性及全球之漁產量早已在迅速衰退，惟印度洋區因開發較遲，仍有略為增加，其它各大洋早在十幾年前起即每況愈下。造成之原因已公認為：人為因素的 (1) 過漁及誤捕，(2) 棲地破壞，(3) 污染，(4) 外來種引入；以及自然因素之 (5) 全球變遷。
在人為因素方面：
1. 濫墾、濫建造成水土流失，使海水混濁，珊瑚白化。
2. 污水及圾垃造成海水優養化，藻類及海葵繁生，珊瑚死亡，繁殖量降低。
3. 過漁及觀光客濫食海洋生物，造成珊瑚礁魚類、海膽、貝類、蝦蟹大量減少，危及生態平衡。
4. 無管制的水中旅遊活動，大量踐踏及破壞珊瑚。
5. 核電廠溫排水。
6. 炸魚及盜採珊瑚。
7. 非經常性的天災造成破壞。
在這個排序中，很清楚的可以看到十一年前造成珊瑚白化最嚴重的核三廠溫排水、毒魚炸魚、盜採珊瑚等，相較於今日珊瑚礁整體所受到其他的破壞，已明顯的有所變動，如果此時社會仍然將拯救珊瑚礁的注意力及措施，放在影響較小的因素上，必將事倍功半，得不償失。
(三)海洋生物多樣性保育策略：
中研院動物所所舉辦的「太平洋珊瑚礁生態與保育的國際研討會」及「中華民國珊瑚礁學會」的會員大會中所共同提出拯救台灣海洋生物多樣性所應努力的方向：
1. 釐清海岸及海洋生態保育與資源管理的權責單位。
2. 儘速完成「海洋污染防治法」、「海岸法」及「海域遊憩活動管理辦法」的立法與實施。
3. 儘速規畫與增設珊瑚礁生態保護區，並且提升管理的能力。
4. 禁止沿岸土地不當開發利用，做好水土保持工作。
5. 管制污染物的排放，防止過度捕撈、非法採集和人為破壞。
6. 加強海洋環境保護與自然資源永續利用的教育。
7. 提供經費，鼓勵自然及社會學者從事珊瑚礁的監測評估、生態保育及資源管理的研究。
總之在上述之保育行動中，我們要特別強調下列幾點：
1. 應速增設海洋保護區，因為「棲地保護」遠比「物種保育」來得更重要，更簡單有效。而且在珊瑚礁區應設法減少或禁止漁獲行為。
2. 訂定法令嚴格執行 — 「海岸法」、「海洋污染防治法」、「海洋遊憩管理辦法」….。
3. 推展宣導教育 — 認識美麗的海洋生物 (攝影展、研討會、水族館、各類媒體)，將海洋生物列入保育 (護) 動物，改變大家對海洋生物的觀念，不抓、不養。
(四)核能發電廠vs海洋：
一般人，認為核能發電和海洋應該不會有太大的關係，那就大錯特錯了！島嶼的生態對核能發電的副作用特別敏感，台灣大學海洋研究所所長認為核電廠排放出的熱廢水對附近海域的生物構成嚴重的威脅。根據他的研究報告，馬鞍山第三核電廠附近的海域的南灣是「台灣各類珊瑚（包括石珊瑚與軟珊瑚）生長最為繁盛的地區。尤以軟珊瑚群落生長之完整，海底景色之美，堪稱世上罕見。」由於該地區珊瑚礁水深不即十公尺，第三核電廠的熱廢水顯然會產生破壞的現象。台灣沿岸的漁業是經濟的重要一環，成千成萬的漁民賴以維生。以南灣為例，百分之五十四點三的住戶均以捕魚為生；鹽寮第四核電廠沿岸的養殖區為台灣水產的重要地區。核能電廠排放出的熱廢水及低度輻射廢水對該地區水域生物生態的短期及長期的影響，尚待進一步的調查研究。
(五)破壞性捕魚法：
現代捕撈海魚的方式愈來愈先進，加上資本雄厚的遠洋企業引進工業化、規模化的捕魚方式，破壞海洋生態。這些大企業的超大型漁船如圍網漁船，配備先進的偵測聲納設備，亦使用具毀滅性的人工集魚器。他們能派出直升機監測，迅速、準確地發現魚群。有的更具備巨型冷凍庫與船上加工、包裝生產設施，讓工業化生產無間斷地進行，加速破壞海洋。
這些先進的設備對海洋生態有著怎樣的「毀滅性」？最大型的圍網船，一次就能打撈近海小型延繩釣漁船30倍的漁獲量。雖漁獲目標不同，但因為使用人工集魚器，一網打盡所有範圍內的大小生物，不但會誤捕吞拿魚幼魚，還會捕獲海龜、鯊魚、海豚、甚至海鳥等，有不少更是瀕臨絕種的物種。
現時海面充斥過多的漁船追捕過少魚群的場面。2010年，全球有超過300萬艘漁船在海中作業，其中有4萬多艘是船身超過24米的工業化漁船，當中更有更有超過150艘是千噸級的巨型圍網船，歐盟在太平洋就有41艘、美國則有34艘，緊追其後的是台灣的33艘，日本26艘，南韓16艘，嚴重威脅有限的海洋資源。
綠色和平的船艦「希望號」在歷年「守護太平洋」的航行中，曾多次在禁止圍網船作業的公海上發現人工集魚器。綠色和平呼籲圍網漁船全面禁止使用人工集魚器，讓瀕危的魚類有機會回復族群數量。
(六)海洋真菌對海洋產業的危害：
海洋真菌是某些海洋動物的寄生菌和致病菌。如美國牡蠣生產區曾因真菌的侵害遭受嚴重損失。能引起某些海洋植物的病害，如北大西洋、太平洋沿岸和歐洲的海草曾被網粘菌屬真菌嚴重侵染。海洋木生真菌能腐爛港口設施、防波堤及堰堤中的木質結構和其他纖維材料。某些海洋真菌能破壞海水中的人工合成材料，如聚氨基甲酸酯材料被它們穿透後會膨脹裂壞。如此可知，看似微不足道的海洋真菌有多麼的厲害了。
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